El clima predominante en Copainalá es Seco o Calido sub húmedo, aunque en ciertos lugares es tropical o calido húmedo, en las partes altas; templado, en invierno el clima es calido, una precipitación pluvial de 800 a 1500 Mm. Al año, siendo los meses de julio y noviembre los de mayor precipitación; su clima en invierno es de 18o y en verano 40oC.
En la actualidad el clima se ha visto afectado debido a la tala inmoderada de los bosques.